甲状腺激素偏低通常称为甲状腺功能减退，其原因有多种。一般来说，自身免疫性疾病是常见原因之一，比如桥本甲状腺炎，这在人群中的患病率约占甲状腺疾病的10% - 15%左右。
自身免疫性疾病因素
桥本甲状腺炎： 自身免疫系统错误地攻击甲状腺组织，导致甲状腺细胞受损，影响甲状腺激素的合成和分泌。这种情况多见于30 - 50岁的女性，女性患病率是男性的5 - 10倍。萎缩性甲状腺炎： 同样属于自身免疫性相关疾病，免疫系统对甲状腺进行攻击，使得甲状腺组织逐渐萎缩，功能减退，从而引起甲状腺激素偏低。
甲状腺手术或放射性碘治疗后
甲状腺手术： 如果因甲状腺结节、甲状腺癌等疾病进行了甲状腺部分或全部切除手术，剩余的甲状腺组织无法产生足够的甲状腺激素来维持正常水平，就可能出现甲状腺激素偏低的情况。一般在术后1 - 2年内发生率相对较高。放射性碘治疗： 对于甲亢患者采用放射性碘治疗时，碘 - 131会破坏甲状腺细胞，导致甲状腺激素分泌减少。通常在治疗后数月到数年可能出现甲状腺功能减退，有研究显示约50%的甲亢患者在放射性碘治疗后10年内会发展为甲状腺功能减退。
药物影响
抗甲状腺药物： 如甲巯咪唑、丙硫氧嘧啶等，如果服用剂量过大，会抑制甲状腺激素的合成，从而导致甲状腺激素偏低。例如在治疗甲亢时，药物剂量调整不当就可能出现这种情况。含碘药物： 一些含碘的药物，如胺碘酮等，长期服用可能影响甲状腺的正常功能，干扰甲状腺激素的合成，进而导致甲状腺激素偏低。