会阴部有时会隐隐作痛，其原因多种多样，主要包括以下这些：
一、妇科炎症：这是由于炎症刺激导致，会出现下腹部疼痛、白带增多且分泌物异常等状况，常见于阴道炎症急性期、宫颈炎症急性期等。治疗可用的药物如甲硝唑可用于厌氧菌感染；制霉菌素主要用于霉菌性阴道炎；伊曲康唑可用于念珠菌性阴道炎等真菌感染；氟康唑也常用于真菌感染的治疗。
二、盆腔炎症：包括盆腔生殖器官、子宫周围结缔组织及盆腔腹膜的炎症，急性盆腔炎症会有下腹痛、发热、分泌物增多以及会阴部隐隐阵痛，慢性盆腔炎则表现为下腹部坠胀、痛及腰骶部和外阴等。治疗盆腔炎的药物有头孢西丁钠，对多种细菌有较好疗效；甲硝唑可抗厌氧菌等；阿奇霉素可用于多种病原体感染。
三、外阴疾病：当外阴受到尿液、大便、阴道分泌物等污染时，会对会阴部造成刺激，从而致使会阴部隐隐疼痛。治疗外阴疾病的药物如咪康唑常用于真菌感染；甲硝唑可用于厌氧菌感染等；氟康唑适用于多种真菌感染。
四、皮肤过敏：会阴部皮肤过敏在临床上主要表现为炎性渗出、剧烈瘙痒以及伴有隐隐阵痛。治疗皮肤过敏的药物有二丙酸倍氯米松，可减轻炎症和瘙痒；丙酸氟替卡松也有类似作用。
五、慢性前列腺炎：慢性前列腺炎可能与支原体、衣原体感染，以及久坐、长时间骑车等因素有关，可表现为会阴部隐痛、尿频、尿滴白等症状。治疗药物如左氧氟沙星可用于多种细菌感染；阿奇霉素对支原体、衣原体等有效；多西环素可用于多种病原体感染。
总之，会阴部有时出现隐隐作痛还可能存在其他原因，当出现这种情况时应及时到医院就诊，明确病因，在专业医师指导下，严格遵医嘱进行治疗，切不可自行盲目用药，以免延误病情。