肾结石形成原因较多，比如代谢异常就是常见因素之一。当尿液中某些物质浓度过高，像钙、草酸、尿酸、胱氨酸等，就容易析出形成结晶，慢慢就可能发展成肾结石。据统计，约有80%的肾结石患者存在代谢方面的问题。
一、代谢异常相关
尿液成分异常： 尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质排出量增加，就会使尿液中这些成分过饱和，进而形成结晶，最终发展为肾结石。例如，尿钙排泄增多，就会增加钙盐在肾脏形成结石的风险。尿pH值改变： 不同成分的结石对尿液pH值要求不同。比如尿酸结石多在酸性尿中形成，磷酸镁铵结石则易在碱性尿中形成。当尿液pH值偏离正常范围，就容易促使相应成分结石形成。
二、局部因素相关
尿路梗阻： 尿路任何部位的梗阻都会导致尿液潴留，使尿液中晶体物质容易沉积，从而形成结石。像肾盂输尿管连接部狭窄、尿道狭窄等情况，都可能引发尿路梗阻，增加肾结石形成几率。比如肾盂输尿管连接部狭窄时，尿液排出不畅，晶体物质易在局部积聚形成结石。感染： 尿路感染时，细菌、脓块等会成为结石形成的核心，促使结石形成。而且感染产生的尿素酶可分解尿液中的尿素，使尿液碱化，有利于磷酸镁铵及磷灰石的沉淀，进而形成结石。
三、其他因素相关
饮食因素： 长期高钙、高嘌呤、高草酸饮食容易诱发肾结石。比如长期大量吃菠菜等富含草酸的食物，会使尿液中草酸含量升高，增加草酸钙结石形成风险。如果一个人每天大量摄入菠菜，就可能提高患草酸钙肾结石的可能性。药物因素： 某些药物也可能导致肾结石形成。例如氨苯蝶啶、硅酸盐、磺胺类药物等，它们在尿液中浓度过高时，可能会析出形成结石。