肾结石的形成是多种因素共同作用的结果。一般来说，尿液中某些物质浓度过高，超出了尿液的溶解限度，就容易析出结晶，逐渐形成肾结石。比如，尿液中钙、草酸、尿酸等成分异常增多时，就可能引发肾结石。
代谢异常方面
尿液成分改变： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质含量过高时，就容易形成结石。例如，尿钙排泄增加是肾结石形成的重要危险因素之一，正常情况下，人体每天尿钙排泄量在一定范围内，如果尿钙排泄过多，就容易在肾脏内形成钙盐结晶，进而发展为肾结石。尿酸代谢异常： 体内尿酸生成过多或尿酸排泄减少，会使尿酸浓度升高，尿酸盐结晶容易在肾脏沉积形成结石。研究发现，痛风患者发生肾结石的风险比普通人要高很多，就是因为痛风患者体内尿酸代谢紊乱。
局部因素方面
尿路梗阻： 尿路梗阻会导致尿液排出不畅，尿液在肾脏内滞留，使得尿液中的结晶物质更容易沉积下来形成结石。比如肾盂输尿管连接部狭窄、输尿管结石等都可能引起尿路梗阻，从而增加肾结石的发病几率。尿路感染： 尿路感染时，细菌、脓块等会作为核心，促使晶体附着沉积，容易形成结石。而且一些细菌还能分解尿素产生氨，使尿液碱化，促进磷酸盐、碳酸盐等沉淀，进而形成肾结石。
生活方式方面
饮水不足： 每天饮水量过少会导致尿液浓缩，尿液中各种溶质的浓度相对升高，容易形成结晶，增加肾结石的发生风险。建议肾结石患者每天饮水量应达到2000 - 3000毫升以上，以稀释尿液，减少结晶形成。饮食不合理： 长期高钙、高草酸、高嘌呤饮食也容易诱发肾结石。比如过多摄入菠菜、苋菜、巧克力等富含草酸的食物，会使尿草酸排泄增加；长期大量吃动物内脏、海鲜等富含嘌呤的食物，会使尿酸生成增多；长期大量饮用牛奶等高钙食物，若同时饮水不足，也可能增加肾结石风险。