卵巢黄体囊肿的治疗需根据具体情况而定，一般较小的黄体囊肿可能会自行消退，无需特殊治疗，观察即可。如果黄体囊肿较大或发生破裂等情况，则需要采取相应措施。
观察等待情况
如果黄体囊肿比较小，直径通常小于5厘米，而且没有引起明显症状，比如腹痛等，一般可以选择观察等待。通常在月经来潮后，囊肿有可能会自行消失。一般观察1 - 2个月经周期，再进行超声复查，了解囊肿情况。
手术治疗情况
囊肿破裂或扭转时
如果卵巢黄体囊肿发生破裂，导致剧烈腹痛、腹腔内出血等情况，或者囊肿发生扭转，引起严重的下腹部疼痛，这时多需要进行手术治疗。手术方式包括腹腔镜手术等，通过手术将破裂或扭转的黄体囊肿进行处理，比如清除积血、修复破裂部位等。
囊肿持续存在且较大时
当黄体囊肿持续存在，直径大于5厘米，并且经过观察一段时间后仍不消退，或者有恶变倾向时，也可能需要手术治疗。手术可以切除囊肿，以明确囊肿性质，防止出现不良后果。
药物辅助情况
一般来说，卵巢黄体囊肿没有特定的特效药物来直接消除囊肿。但如果因囊肿引起疼痛等症状，可能会短期使用止痛药物来缓解症状，比如非甾体类抗炎药，像布洛芬等，可以起到减轻疼痛的作用，但这只是对症处理，不能从根本上治疗囊肿本身。不过使用这类药物时，要注意其可能存在的胃肠道等方面的副作用，比如可能会引起恶心、呕吐等不适，而且要在医生指导下使用，尤其是有胃肠道疾病等特殊情况的患者更要谨慎。