胆囊萎缩主要原因包括胆囊结石、胆囊炎反复发作以及肠道寄生虫等。
一、胆囊结石：当患者患有胆囊结石后，结石会不断增大。这会对胆囊的功能状态和生理机能产生影响，胆囊结石持续反复地刺激胆囊部位，在这种长期的刺激作用下，胆囊就可能逐渐出现萎缩现象。
二、胆囊炎反复发作：患者发生胆囊炎时，胆囊壁会增厚，纤维组织也会增生，进而形成疤痕，导致胆囊壁进一步增厚，逐渐丧失扩大和膨胀以存储胆汁的能力，最终使得胆囊萎缩、变小。
三、肠道寄生虫：患者肠道内若有肠道寄生虫，其会钻入胆道并引发胆囊炎，进而促成胆囊萎缩。
总之，这些就是胆囊萎缩的主要原因，一旦患者出现胆囊萎缩的情况，必须要及时就医进行诊治。