目前临床上治疗脑血栓并没有所谓的“特效药”，但有几种常用的药物类别。一般来说，在发病4.5小时内符合条件的患者可以使用阿替普酶进行静脉溶栓治疗，这是目前较有效的恢复血流的措施之一。
溶栓类药物
阿替普酶： 属于重组组织型纤溶酶原激活剂，能选择性地激活血栓中的纤溶酶原，使之转变为纤溶酶而溶解脑血栓，不过需要在发病4.5小时内及时应用。尿激酶： 也可用于溶栓治疗，能直接使纤溶酶原转变为纤溶酶，溶解血栓，但应用时间窗等有一定要求。
抗血小板聚集药物
阿司匹林： 是常用的抗血小板聚集药物，通过抑制血小板的环氧化酶，减少血栓素A2的生成，从而抑制血小板聚集。一般建议无禁忌证的患者早期使用，可降低复发风险。氯吡格雷： 也是抗血小板聚集的药物，作用机制与阿司匹林有所不同，对于不能耐受阿司匹林的患者可选用，或者与阿司匹林联合使用来抗血小板聚集。
神经保护类药物
依达拉奉： 具有清除自由基、减轻脑血管痉挛、抑制脂质过氧化等作用，可保护神经细胞，减轻脑梗死引起的神经症状、改善日常生活活动能力和功能障碍。胞磷胆碱钠： 可以改善脑代谢，促进大脑功能恢复，对脑血管意外所引起的神经系统的后遗症有一定的改善作用。
控制脑水肿药物
甘露醇： 是常用的脱水降颅压药物，通过提高血浆渗透压，使脑组织中的水分进入血管内，从而减轻脑水肿，降低颅内压。但长期大量使用可能会引起肾功能损害等不良反应，需要密切监测。甘油果糖： 也是脱水降颅压药物，其脱水作用相对温和，对肾功能影响较小，适用于肾功能不全或需要长期脱水降颅压的患者。