面肌痉挛主要是由血管压迫面神经根部引起的，约80% - 90%的面肌痉挛是由于面神经出脑干区存在血管压迫，常见的压迫血管有小脑上动脉、小脑前下动脉等。
血管压迫因素
小脑上动脉压迫： 小脑上动脉是最常见的压迫面神经的血管，它走行迂曲时就可能对面神经根部产生压迫，随着年龄增长，血管发生动脉硬化等改变，迂曲情况更易出现，从而增加面肌痉挛发生风险。小脑前下动脉压迫： 小脑前下动脉也可能压迫面神经，相对小脑上动脉压迫的概率稍低，但同样会导致面神经根部受到刺激，引发面肌痉挛。
面神经自身病变因素
面神经脱髓鞘改变： 面神经在走行过程中，如果出现脱髓鞘，会使神经纤维之间的电信号传导发生紊乱，导致异常的神经冲动发放，进而引起面肌痉挛。这种脱髓鞘改变可能是由于局部炎症、缺血等因素导致的。面神经受到刺激： 颅内的一些病变，如肿瘤、囊肿等，可能会对面神经产生刺激，虽然这种情况相对较少见，但也可能引发面肌痉挛。例如桥小脑角区的胆脂瘤等病变，可能会刺激面神经，导致面肌痉挛发作。
遗传因素相关情况
家族性面肌痉挛： 有研究发现，少数面肌痉挛患者存在家族遗传倾向。如果家族中有面肌痉挛患者，那么其他家族成员患面肌痉挛的风险可能会相对增高，但目前具体的遗传机制还不是完全明确，可能与某些基因的突变等有关。不过大多数面肌痉挛还是散发的，并非由明确的单基因遗传导致。