畸胎瘤形成的原因目前尚未完全明确，一般认为与生殖细胞异常分化等因素有关。
生殖细胞异常分化方面
原始生殖细胞异位： 在胚胎发育早期，原始生殖细胞正常迁移过程中出现异常，导致部分原始生殖细胞停留在身体的其他部位，这些异位的原始生殖细胞就有可能分化形成畸胎瘤。例如，在卵巢、睾丸以外的部位，像纵隔、骶尾部等可能出现由异位原始生殖细胞分化而来的畸胎瘤。生殖细胞分化紊乱： 正常情况下生殖细胞会按照一定的规律进行分化发育，但如果在某个阶段受到一些内在或外在因素影响，导致生殖细胞分化紊乱，就可能形成畸胎瘤。这种分化紊乱可能涉及到基因表达等多方面的异常变化，使得细胞朝着不同方向无序分化，最终形成包含多种组织成分的畸胎瘤。
遗传因素相关
部分遗传性综合征： 某些遗传性综合征与畸胎瘤的形成有一定关联。比如，患有家族性视网膜母细胞瘤的患者，发生畸胎瘤的风险可能会增加。这是因为相关的遗传基因发生突变或异常，影响了细胞的正常生长和分化调控，从而增加了畸胎瘤的发病几率。不过，由遗传因素直接导致畸胎瘤的具体机制还在进一步研究中，但已经发现遗传因素在其中起到了一定的作用。
胚胎发育过程中的因素
胚胎期细胞残留： 在胚胎发育的早期阶段，可能有一些细胞残留下来，这些残留的细胞具有多向分化的潜能。随着胚胎的发育，这些残留细胞没有按照正常的途径进行分化，而是逐渐增殖、分化，形成了畸胎瘤。例如在胎儿发育过程中，某些部位出现了不该有的细胞残留，并且这些细胞发生异常增殖分化，就可能形成相应部位的畸胎瘤。环境因素的潜在影响： 虽然目前还没有确凿证据表明单一的环境因素直接导致畸胎瘤，但一些不良的环境因素可能会影响胚胎的正常发育过程，从而间接增加畸胎瘤的发生风险。比如孕期接触某些化学物质、受到辐射等，可能干扰胚胎生殖细胞的正常分化和发育，使得畸胎瘤的形成几率增加，但这种影响相对复杂，还需要更多的研究来明确具体的作用机制和关联程度。