原发性甲状腺功能减退主要是由于甲状腺本身病变导致甲状腺激素合成、分泌不足引起的。据统计，全球约有2%的人群会患上原发性甲状腺功能减退。
自身免疫因素导致
自身免疫性甲状腺炎： 像桥本甲状腺炎是最常见的原因之一。人体免疫系统错误地攻击甲状腺，使得甲状腺细胞受损，影响甲状腺激素的合成和释放。这种自身免疫反应可能有遗传易感性，比如家族中有自身免疫性疾病史的人，患桥本甲状腺炎进而发展为原发性甲状腺功能减退的风险相对较高。其他自身免疫病关联： 一些其他自身免疫性疾病也可能与原发性甲状腺功能减退相关，例如1型糖尿病患者中，原发性甲状腺功能减退的发生率比普通人群要高一些，这是因为自身免疫机制在多个内分泌器官可能同时起作用。
甲状腺手术或放射性碘治疗后引发
甲状腺手术因素： 如果因甲状腺结节、甲状腺癌等疾病进行了甲状腺部分或全部切除手术，那么剩余的甲状腺组织可能无法产生足够的甲状腺激素来维持正常生理需求，从而导致原发性甲状腺功能减退。一般来说，甲状腺切除范围越大，发生甲状腺功能减退的概率越高。放射性碘治疗影响： 对于甲状腺功能亢进症患者，采用放射性碘治疗时，放射性碘会破坏甲状腺组织，随着时间推移，甲状腺合成甲状腺激素的能力逐渐下降，也容易引发原发性甲状腺功能减退。通常在放射性碘治疗后数月至数年，可能会出现甲状腺功能减退的情况。
药物及碘摄入异常导致
药物影响： 某些药物会影响甲状腺激素的合成或作用。比如胺碘酮，它含有较高的碘，长期服用可能干扰甲状腺的正常功能，导致甲状腺激素合成障碍，引发原发性甲状腺功能减退。还有一些抗甲状腺药物，在治疗甲状腺功能亢进时，如果使用剂量不当，也可能暂时或长期影响甲状腺功能，导致甲状腺激素分泌不足。碘摄入异常： 碘是合成甲状腺激素的重要原料，碘摄入过少或过多都可能引发问题。碘摄入过少时，甲状腺无法合成足够的甲状腺激素，就可能导致原发性甲状腺功能减退；而长期大量摄入碘，也可能干扰甲状腺的正常调节机制，影响甲状腺激素的合成与释放，从而引发原发性甲状腺功能减退。