甲状腺功能减退主要是由于甲状腺激素合成及分泌减少，或其生理效应不足所致机体代谢降低的一种疾病。其中，自身免疫损伤是常见原因之一，像自身免疫性甲状腺炎，约占全部原发性甲减病因的90%~95%。
自身免疫因素相关
自身免疫性甲状腺炎： 包括桥本甲状腺炎等，自身的免疫系统错误地攻击甲状腺组织，导致甲状腺细胞受损，影响甲状腺激素的正常合成与分泌。例如，有研究发现，在一些自身免疫性甲状腺炎患者中，体内存在针对甲状腺的自身抗体，如甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）和甲状腺球蛋白抗体（TgAb），这些抗体水平升高会持续破坏甲状腺组织。
甲状腺破坏相关
放射性碘治疗： 当因甲亢等疾病接受放射性碘治疗时，放射性碘会破坏甲状腺细胞，使得甲状腺激素的产生能力下降。一般在放射性碘治疗后的几个月至几年内，可能逐渐出现甲状腺功能减退的情况，有数据显示，约50%接受放射性碘治疗的患者在治疗后10年内会发展为甲减。手术切除甲状腺： 因甲状腺癌等疾病进行甲状腺部分或全部切除手术时，切除的甲状腺组织过多，剩余的甲状腺组织不能产生足够的甲状腺激素来维持机体正常代谢，从而引发甲减。如果是全部切除甲状腺，患者通常需要终身服用甲状腺激素替代治疗。
碘缺乏或过量相关
碘缺乏： 碘是合成甲状腺激素的重要原料，在一些碘摄入不足的地区，人群患甲状腺功能减退的风险会增加。比如，在远离海洋的内陆山区，土壤中碘含量低，当地居民饮食中碘摄入不足，就容易出现甲状腺代偿性增生肿大，进而发展为甲减。碘过量： 短时间内摄入大量碘也可能影响甲状腺功能，导致甲状腺功能减退。例如，长期大量食用含碘丰富的食物（如海带等），或者服用含碘药物过量，可能干扰甲状腺激素的正常合成与调节，引发甲减。