小便时阴道疼可能源于阴道炎，也可能是膀胱结石等因素所致，需进一步检查确诊。
一、若因女性生理结构特殊，平时个人卫生不佳或内分泌紊乱等，可致阴道菌群失调引发阴道炎，此时小便就会有阴道疼情况。对此可到医院详细检查，明确病因后，在医生指导下，口服阿莫西林、甲硝唑等药物进行治疗，同时可配合克霉唑阴道片等阴道塞栓药物。
1.阿莫西林：是一种抗生素药物，具有广谱抗菌作用。
2.甲硝唑：对多种厌氧菌有较好的抗菌效果。
3.克霉唑阴道片：主要用于霉菌性阴道炎的治疗。
二、小便时阴道疼也可能是膀胱炎等原因，如果膀胱发炎使尿液呈酸性，因女性尿道与阴道相邻很近，可能对阴道产生刺激而出现该现象。同样需到医院做详细检查，明确病因后，可在医生指导下口服头孢拉定、青霉素等药物治疗。
1.头孢拉定：是第一代头孢菌素类抗生素。
2.青霉素：是一种常用的抗生素。
在治疗期间要注意饮食清淡，忌辛辣刺激性食物，还要加强个人卫生，可每天用高锰酸钾对阴部进行清洗。
总之，当出现小便时阴道疼的情况时，要及时就医，明确具体原因并采取针对性的治疗措施，同时注意治疗期间的相关注意事项。