生殖器疱疹病毒的治疗包含一般治疗、系统药物治疗以及外用药物治疗。
一、一般治疗：患者要注重休息，避免饮酒、劳累以及过度性生活。当出现临床症状，比如疼痛或是生殖器有簇集、散在的小水疱时，必须避免性生活。
二、系统用药：
1.初发者可按医嘱使用阿昔洛韦等抗病毒药物。
2.复发型可采用间歇疗法，也就是在前驱症状出现前就开始进行治疗；对于频繁复发的患者，可在医生指导下延长药物服用时间。
三、外用药物：
1.可选用以抗病毒、收敛、干燥以及防止继发感染为主的药物，像是3%阿昔洛韦软膏或炉甘石洗剂。
2.继发感染时可用夫西地酸乳膏、莫匹罗星软膏。
3.如果合并龈口炎，则要保持口腔清洁，外用口腔含漱液。
需要强调的是，上述所有药物都应在医生的指导下使用，绝对不能擅自滥用。生殖器疱疹患者若能及时就诊，并通过积极治疗以及改善生活方式，是有可能让疱疹不再复发的。
总之，对于生殖器疱疹病毒的治疗，要综合运用各种方法，并且严格遵循医嘱，同时注意生活中的各种细节，以提高治疗效果和降低复发几率。