生殖器疱疹病毒的治疗主要包括一般治疗、系统药物治疗和外用药物治疗。
一、一般治疗：要注重休息，避免饮酒、劳累以及过度的性生活。当有临床症状出现，比如疼痛或是生殖器部位有簇集、散在的小水疱时，就应避免性生活。
二、系统用药：
1.对于初发者，可以按照医嘱使用阿昔洛韦等抗病毒药物。
2.复发型可采用间歇疗法，也就是在前驱症状出现前就开始进行治疗；对于频繁复发者，可在医生指导下延长服用药物的时间。
三、外用药物：
1.可选用以抗病毒、收敛、干燥以及防止继发感染为主的药物，例如3％阿昔洛韦软膏或炉甘石洗剂。
2.当继发感染时，可以使用夫西地酸乳膏、莫匹罗星软膏。
3.如果合并龈口炎，则要保持口腔清洁，外用口腔含漱液。
需要强调的是，上述所有药物都必须在医生的指导下使用，切不可擅自滥用。患有生殖器疱疹的患者应及时进行诊治，通过积极的治疗并改善生活方式，有可能使疱疹不再复发。
总之，对于生殖器疱疹病毒的治疗，要综合运用各种方法，并且严格遵循医嘱，同时注重生活方式的调整，以提高治疗效果和降低复发风险。