一些药物、化学物质及疾病等因素可导致胎儿先天畸形，比如孕期服用沙利度胺，有研究显示约50%的胎儿会出现严重先天畸形。
药物因素导致胎儿畸形
某些抗生素： 如四环素类药物，在孕期使用可能影响胎儿牙齿和骨骼发育，导致牙齿发黄、牙釉质发育不全以及骨骼生长受限等问题。抗癫痫药物： 像苯妥英钠，孕期服用会增加胎儿出现唇裂、心脏畸形等先天畸形的风险，研究表明暴露于该药物的胎儿畸形发生率高于正常人群。
化学物质接触导致胎儿畸形
有机溶剂： 长期接触苯等有机溶剂的孕妇，胎儿发生先天畸形的概率会升高，苯可通过胎盘影响胎儿正常的细胞分裂和器官发育过程。农药残留： 孕期接触高浓度的有机磷农药，会干扰胎儿的神经系统和其他器官的正常分化，增加胎儿出现神经管畸形等问题的可能性。
疾病因素导致胎儿畸形
糖尿病： 孕妇患有未控制好的糖尿病，尤其是在怀孕早期血糖过高，会使胎儿发生心血管畸形、神经管畸形等先天畸形的几率显著增加，高血糖环境会影响胚胎的发育进程。风疹病毒感染： 孕期感染风疹病毒，胎儿很容易出现白内障、心脏病、耳聋等多种先天畸形，风疹病毒会在宫内破坏胎儿的组织和器官发育。
其他因素导致胎儿畸形
辐射暴露： 孕期接受过量的X射线等辐射，会损伤胎儿的细胞DNA，影响细胞的正常增殖和分化，从而引发先天畸形，不同剂量的辐射对胎儿造成的畸形影响程度不同。高龄孕妇： 年龄大于35岁的孕妇，胎儿发生21 - 三体综合征（唐氏综合征）等染色体畸形的风险明显升高，随着孕妇年龄增长，卵子质量下降，染色体异常的几率增加。