卵巢囊肿术后多数情况下不影响怀孕，但具体情况与多种因素有关。一般来说，单纯的良性卵巢囊肿，直径小于5厘米，术后3个月左右若恢复良好，多数女性可以正常怀孕，怀孕几率通常能达到60%~80%左右。
囊肿性质与手术方式的影响
良性囊肿且手术未波及子宫：如果卵巢囊肿是良性的，手术只是单纯剔除囊肿，没有影响到子宫等结构，那么对怀孕的影响相对较小。比如卵巢子宫内膜异位囊肿，在规范剔除术后，经过3~6个月的恢复，多数女性可以正常受孕。恶性囊肿或手术波及较大范围：如果是恶性卵巢囊肿，手术范围可能较大，比如需要切除部分卵巢组织甚至子宫等，这就会明显影响怀孕。恶性卵巢囊肿术后可能需要辅助放化疗等，会进一步降低怀孕的可能性，而且即使怀孕，发生流产、早产等不良妊娠结局的风险也会增加。
术后恢复情况的影响
恢复良好的情况：术后身体恢复顺利，没有出现感染、粘连等并发症。一般术后需要休息1~2个月，让身体和生殖系统恢复。如果恢复良好，卵巢功能正常，排卵正常，输卵管通畅，那么怀孕的几率就较高。例如术后月经恢复正常，B超检查卵巢形态正常，排卵监测显示有正常排卵，这种情况下怀孕不受太大影响。恢复不佳的情况：如果术后发生盆腔粘连，可能会影响输卵管的通畅性，导致输卵管粘连、堵塞等，从而影响卵子和精子的结合以及受精卵的运输，降低怀孕几率。另外，如果术后卵巢功能受到影响，出现排卵障碍，也会导致不孕。比如术后月经紊乱，长期不排卵，就需要进一步治疗后才能考虑怀孕。
个体差异的影响
年龄因素：年轻女性卵巢储备功能较好，术后怀孕的可能性相对较高。比如20~30岁的女性，卵巢囊肿术后怀孕几率相对较高；而35岁以上的女性，卵巢储备功能逐渐下降，即使卵巢囊肿术后，怀孕难度也会增加，而且发生胎儿染色体异常等风险也会升高。自身免疫等其他因素：如果女性本身存在一些自身免疫性疾病等其他影响怀孕的因素，即使卵巢囊肿术后，怀孕也可能受到影响。比如患有系统性红斑狼疮的女性，卵巢囊肿术后怀孕需要在医生密切监测下进行，因为自身免疫性疾病可能会影响妊娠过程。