儿童扁桃体切除后可能会对免疫系统、局部吞咽等方面有一定影响。一般来说，扁桃体是人体免疫器官之一，儿童时期扁桃体参与细胞免疫和体液免疫，能抵御病菌，但如果扁桃体反复发炎等情况严重，切除后短期可能有免疫功能暂时调整，不过多数孩子随着年龄增长，其他免疫器官会逐渐代偿。
对免疫功能的影响
短期影响： 儿童时期扁桃体是重要的免疫器官，切除后短期内，机体的局部免疫功能会有一定变化。比如，上呼吸道的局部免疫屏障可能会稍有削弱，不过这种影响通常不会特别严重。一般在切除后的1 - 3个月内，机体的免疫系统会通过其他免疫器官进行代偿。长期影响： 随着孩子年龄增长，其他免疫器官，像脾脏、淋巴结等会逐渐承担起部分免疫功能，来弥补扁桃体切除带来的影响。所以从长期来看，大多数孩子不会因为扁桃体切除而出现明显的免疫功能低下情况，但在一些特殊感染风险较高的时期，比如幼儿期，可能需要更加注意防护。
对吞咽功能的影响
术后初期： 扁桃体切除术后的1 - 2天内，孩子可能会有吞咽疼痛的情况，从而影响吞咽动作。这时候孩子可能会表现出不敢吞咽、进食减少等现象。一般可以通过吃温凉的流食来缓解，比如温牛奶、藕粉等。恢复后期： 大约1周左右，吞咽疼痛会逐渐减轻，吞咽功能也会慢慢恢复正常。不过在恢复期间，要注意避免让孩子吃坚硬、辛辣刺激的食物，防止刺激手术部位，影响吞咽功能的恢复。
对发音的影响
短期影响： 扁桃体切除术后，短期内孩子可能会因为咽部的疼痛、不适，发音会有一些变化，比如声音可能会稍微有些沙哑或者音调稍有改变。一般这种情况会随着咽部手术创面的愈合而逐渐改善。长期影响： 通常来说，长期的发音问题不会很明显。因为孩子的发音主要还是由声带等结构来决定，扁桃体切除一般不会对声带等主要发音结构造成永久性的影响。但如果在术后恢复过程中，孩子因为疼痛不敢正常发声，可能会导致发音习惯的短暂改变，只要恢复顺利，发音会逐渐回归正常。