怀孕两个月流褐色分泌物可能由多种原因引起。其中比较常见的原因有先兆流产，据临床统计，约有15% - 20%的孕妇在孕早期会出现少量阴道出血（表现为褐色分泌物），可能与胚胎染色体异常、母体黄体功能不全等有关；还有可能是宫颈因素导致，比如宫颈息肉，孕妇本身有宫颈息肉时，息肉表面的血管比较脆弱，容易破裂出血，从而出现褐色分泌物；另外，宫外孕也可能引发这种情况，虽然宫外孕在怀孕两个月时相对少见，但也不能排除，宫外孕除了有褐色分泌物外，还可能伴有腹痛等症状。
先兆流产导致的褐色分泌物
胚胎因素： 如果胚胎本身存在染色体异常等问题，就容易出现流产迹象，进而表现为流褐色分泌物。这种情况是因为胚胎发育异常，无法正常在子宫内着床生长，从而刺激子宫收缩，导致少量出血，血液在宫腔内停留一段时间后排出就呈现褐色。母体因素： 母体黄体功能不全时，孕激素分泌不足，不能很好地维持子宫内膜，就容易引起子宫少量出血，表现为褐色分泌物。一般黄体功能不全的孕妇体内孕激素水平低于正常妊娠的水平，需要及时就医进行相关激素检测来判断。
宫颈因素引发的褐色分泌物
宫颈息肉： 孕妇在孕前可能就有宫颈息肉，或者孕期激素变化刺激宫颈导致息肉生长。宫颈息肉是宫颈部位的良性增生组织，其表面的血管丰富且脆弱，怀孕后由于激素改变等原因，息肉可能会破裂出血，血液混合白带等排出体外就表现为褐色分泌物。这种情况一般通过妇科检查可以发现宫颈有息肉样组织。宫颈炎： 孕期如果发生宫颈炎，宫颈黏膜充血、水肿，也可能出现少量出血，导致褐色分泌物出现。宫颈炎可能是由于细菌等病原体感染引起，孕妇会有白带增多、颜色异常等表现，需要进行妇科检查和白带常规等检查来明确。
宫外孕造成的褐色分泌物
胚胎着床位置异常： 受精卵在子宫体腔以外着床，比如着床在输卵管等部位，由于输卵管的组织结构不同于子宫，无法像子宫那样为胚胎提供良好的生长环境，胚胎发育到一定程度后会导致输卵管破裂等情况，引起出血，血液经阴道流出就表现为褐色分泌物。宫外孕除了有褐色分泌物外，还常伴有一侧下腹部隐痛或酸胀感，如果宫外孕发生破裂，会出现剧烈腹痛、腹腔内出血等严重情况，需要紧急处理。