怀孕两个月流褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕两个月属于孕早期，此时胎儿发育尚不稳定，若孕妇进行了重体力劳动、剧烈运动或存在同房行为，可能会刺激子宫收缩，导致先兆流产，出现流褐色分泌物的情况。此外，孕妇患有全身性疾病，如严重的贫血、高血压、慢性肾炎等，也可能导致先兆流产。此时应及时就医，进行保胎治疗，可遵医嘱使用黄体酮胶囊、地屈孕酮片等药物。
2.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，俗称宫外孕。宫外孕时，随着孕囊的生长，会导致子宫蜕膜剥离，引起阴道出血，血液在宫腔内停留时间较长时，可表现为褐色分泌物。此外，宫外孕还可能伴有腹痛、恶心、呕吐等症状。一旦确诊为宫外孕，应立即采取治疗措施，可根据病情选择药物治疗或手术治疗。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种良性妊娠滋养细胞疾病，与妊娠相关。停经后阴道流血是葡萄胎的常见症状，多为暗褐色或暗红色的阴道出血，出血量可多可少。此外，还可能伴有子宫异常增大、变软，血清HCG水平异常升高等。一旦确诊为葡萄胎，应及时进行清宫手术，并定期复查HCG水平，直至恢复正常。
4.其他：怀孕两个月流褐色分泌物还可能与宫颈息肉、宫颈癌等疾病有关。此外，孕妇情绪过度紧张、焦虑，也可能导致先兆流产的发生。
总之，怀孕两个月流褐色分泌物是一种异常情况，可能提示存在潜在的健康问题。孕妇应及时就医，进行相关检查，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持心情愉悦，避免紧张、焦虑等不良情绪。