腰椎间盘突出微创手术相对传统手术后遗症较少，但仍可能存在一些情况。一般来说，约10%左右的患者可能会出现一些轻微后遗症，但多数不严重。
神经损伤相关后遗症
神经根粘连风险： 虽然微创手术对神经的影响较小，但仍有极个别情况可能出现神经根粘连。不过这种概率非常低，一般在0.5%以下。如果发生神经根粘连，可能会导致下肢的麻木、疼痛等症状在一定程度上复发，但通过后期的康复治疗大多可以改善。硬膜外血肿： 极少数患者在微创手术后可能出现硬膜外血肿，发生率约为0.1%左右。这是因为手术过程中可能会损伤血管，导致血液积聚在硬膜外间隙，压迫神经，引起腰痛、下肢放射性疼痛加重等症状，需要及时就医处理。
脊柱稳定性相关后遗症
椎间高度丢失： 个别患者在术后可能出现椎间高度丢失情况，发生率约为1%左右。这可能会影响脊柱的稳定性，导致腰部活动时出现不适，比如久坐久站后腰部酸痛等，但通过康复锻炼以及佩戴支具等可能会有所改善。邻近节段退变加速： 有研究显示，约2% - 5%的患者在腰椎间盘突出微创手术后，邻近节段的椎间盘可能会出现退变加速的情况。不过这通常是一个相对缓慢的过程，可能在术后数年才会逐渐显现，表现为邻近节段的腰痛、椎间盘突出等症状，需要定期进行影像学检查监测。
术后感染相关后遗症
切口感染： 微创手术的切口较小，切口感染的发生率较低，一般在1%以下。如果发生切口感染，会出现切口红肿、疼痛、渗液等症状，需要进行抗感染治疗，严重时可能需要再次清创等处理，但经过规范治疗大多可以治愈，遗留严重后遗症的情况很少。深部组织感染： 深部组织感染极为罕见，发生率低于0.1%。一旦发生深部组织感染，会影响脊柱的正常结构和功能，可能导致长期的腰部疼痛、发热等全身症状，需要较长时间的抗感染治疗以及可能的手术干预，但这种情况非常少见。