口腔疱疹与手足口病存在以下区别：
一、临床表现：
1.口腔疱疹通常出现在齿龈、颊黏膜以及咽部，一旦破溃会形成溃疡，疼痛剧烈时可能导致拒食、食欲下降以及流涎等状况。
2.手足口病患者除了有口腔疱疹的相关表现外，还可能在身体其他部位出现疱疹，同时伴有皮肤瘙痒等症状。
二、病原学：
1.口腔疱疹主要由疱疹病毒感染引起。
2.手足口病是感染了肠道病毒，且肠道病毒的类型较多。
三、用药选择：
1.两者虽主要都是进行抗病毒治疗，但都有可能继发细菌感染，且几率较大，可能需要给予抗感染药物。
总结：口腔疱疹和手足口病在临床表现、病原学及用药选择上都有一定的区别，要注意区分并采取相应的措施进行诊断和治疗。