怀孕三个月没有胎心可能是多种因素导致。首先是胚胎因素，胚胎自身染色体异常是常见原因，约占50%-60%，这是由于遗传物质出现问题，使得胚胎发育异常，无法正常形成胎心。其次是母体因素，母体患有严重的全身性疾病，如严重感染、高热疾病等，会影响胎盘、胎儿的血供，从而阻碍胎心形成；母体内分泌异常，像黄体功能不全、甲状腺功能减退等，也会干扰胚胎发育，导致没有胎心；母体免疫功能异常，自身产生的抗体攻击胚胎，影响胚胎正常发育，致使没有胎心。另外，父亲精子染色体异常也可能引发这种情况，虽然相对少见，但也是原因之一。还有环境因素，过多接触放射性物质、化学毒物等，会对胚胎造成损害，影响胎心出现。
胚胎染色体异常
胚胎染色体异常是导致怀孕三个月没有胎心的重要原因。正常胚胎发育依赖于染色体的正常，若染色体数目或结构异常，胚胎就无法正常生长发育，进而出现没有胎心的情况。这种染色体异常可能是随机发生的，也可能与父母的生殖细胞在形成过程中出现差错有关。
母体全身性疾病影响
母体患有严重全身性疾病时，会干扰胚胎发育。例如严重感染，细菌或病毒感染引发的高热等情况，会影响胎盘的血液灌注，使得胎儿获取营养和氧气受阻，影响胎心形成。像孕妇感染风疹病毒，就可能导致胚胎发育异常，没有胎心。
母体内分泌失调问题
母体内分泌异常对胚胎发育至关重要。黄体功能不全时，黄体分泌的孕激素不足，无法为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境；甲状腺功能减退的孕妇，体内甲状腺素水平低下，会影响胚胎的新陈代谢等一系列生理过程，导致胚胎发育停滞，没有胎心。
环境不良因素作用
过多接触放射性物质，如孕妇在不知情的情况下接触了X射线等，或者长期处于含有化学毒物的环境中，像甲醛超标的工作或生活环境，这些不良环境因素会损伤胚胎细胞，影响胚胎的正常发育，最终致使怀孕三个月没有胎心。