胚胎本身因素
胚胎染色体异常是常见原因。正常受孕时，染色体需精确配对组合，若出现异常，可能导致胚胎发育异常，无法正常形成胎心和胎芽。这种情况在高龄孕妇中相对更易发生，因为随着年龄增长，卵子质量下降，染色体异常几率增加。
母体因素
内分泌失调可能影响胚胎发育。例如甲状腺功能异常，甲状腺激素对胚胎的生长发育至关重要，甲状腺功能减退或亢进都可能干扰胚胎正常发育进程，使得怀孕三个月仍无胎心和胎芽。患有自身免疫性疾病的母体，体内的自身抗体可能攻击胚胎组织，影响胚胎着床及发育，进而出现这种情况。
环境因素
孕妇长期接触有害化学物质，如苯、甲醛等，这些物质可能损害胚胎细胞，干扰胚胎正常发育过程，增加怀孕三个月无胎心和胎芽的风险。长期处于高辐射环境中，如频繁接触X射线等，辐射可能导致胚胎染色体断裂、基因突变等，影响胚胎发育。
其他因素
孕妇在怀孕早期有不良生活习惯，像大量吸烟、酗酒，烟草中的尼古丁和酒精都会对胚胎产生毒害作用，影响胚胎正常发育。孕妇严重营养不良，缺乏必要的营养物质如叶酸等，也会干扰胚胎的正常生长，导致出现怀孕三个月没有胎心和胎芽的状况。