乳腺囊肿形成的原因目前尚不十分明确，可能与以下几方面因素有关。首先是内分泌紊乱，女性体内的雌激素水平异常波动时较易引发乳腺囊肿。比如在月经周期中，雌激素水平变化较大的时期，部分女性就更容易出现乳腺囊肿相关问题。
内分泌因素相关
激素失衡影响： 雌激素相对过多而孕激素水平相对不足时，会刺激乳腺导管上皮增生，使导管扩张形成囊肿。正常情况下，雌激素和孕激素处于动态平衡状态来维持乳腺组织的稳定，一旦这种平衡被打破，就为乳腺囊肿的形成创造了条件。月经周期关联： 很多女性在月经前乳腺囊肿可能会有增大、胀痛等表现，月经后有所缓解，这与月经周期中激素的变化密切相关。一般在月经来潮前，体内雌激素水平升高，乳腺组织受刺激更明显，乳腺囊肿相关症状可能更突出。
乳腺结构不良因素
乳腺导管异常： 乳腺导管如果发生退行性变，比如导管上皮增生、细胞脱落等情况，可能导致导管堵塞，分泌物潴留进而形成囊肿。这种导管的异常变化是乳腺囊肿形成的一个重要内在结构因素。腺叶局部退变： 乳腺腺叶在某些因素影响下出现局部退变，也可能引发乳腺囊肿。例如乳腺组织中的一些小的腺叶发生微小的结构改变，使得液体积聚形成囊肿样结构。
生活方式因素
饮食不规律影响： 长期高热量、高脂肪饮食可能会影响内分泌环境，从而增加乳腺囊肿的发生风险。有研究发现，摄入过多高脂肪食物的人群，乳腺囊肿的患病率相对会有所升高。精神压力因素： 长期精神压力过大，会影响人体的内分泌调节系统。精神紧张等状态下，体内激素分泌会出现紊乱，进而对乳腺组织产生不良影响，增加乳腺囊肿的发生几率。比如一些长期处于高强度工作压力下的女性，患乳腺囊肿的可能性相对较高。