乳腺囊肿的形成原因目前尚不十分明确，一般认为可能与内分泌紊乱、乳腺结构不良以及哺乳习惯等因素有关。比如，体内雌激素水平相对过高，孕激素水平相对不足时，就容易引发乳腺囊肿。
内分泌紊乱因素
激素失衡影响： 女性体内的雌激素和孕激素对乳腺组织起着调节作用。当内分泌出现紊乱时，雌激素分泌相对过多，孕激素分泌相对不足，会刺激乳腺导管上皮增生，使导管扩张形成囊肿。例如，一些长期精神压力大、作息不规律的女性，内分泌失调的概率相对较高，患乳腺囊肿的风险可能会增加。月经周期影响： 在月经周期中，乳腺也会随着激素变化而有相应反应。如果激素波动较大，就可能导致乳腺导管局部堵塞，分泌物潴留形成囊肿。一般来说，月经前症状可能会稍加重，月经后有所缓解，但如果这种波动长期存在，囊肿就可能持续存在或反复出现。
乳腺结构不良因素
乳腺组织增生： 乳腺结构不良是一种常见的乳腺疾病状态，表现为乳腺导管和小叶在结构上的异常增生。这种增生可能会导致导管扩张，进而形成囊肿。比如，一些中年女性由于乳腺组织逐渐出现退行性变化，乳腺结构不良的情况相对多见，乳腺囊肿的发生几率也会相应提高。纤维囊性变相关： 乳腺的纤维囊性变也与乳腺囊肿的形成有一定关系。在纤维囊性变过程中，乳腺的腺泡、导管等结构发生改变，容易出现分泌物积聚形成囊肿。这种纤维囊性变可能与自身的体质以及乳腺局部的微环境有关。
哺乳习惯因素
哺乳不畅引发： 如果在哺乳期出现乳汁排出不畅的情况，乳汁在乳腺内淤积，就可能形成囊肿。比如，有的产妇乳头过小或内陷，婴儿吸吮困难，导致乳汁不能顺利排出，长时间淤积就容易引发乳腺囊肿。另外，有的产妇哺乳姿势不正确，也可能影响乳汁的排出，增加乳腺囊肿的发生风险。断奶不当影响： 断奶过程不顺利，乳腺内残留的乳汁没有完全吸收，也可能促使囊肿形成。例如，突然断奶，乳腺还没有适应乳汁分泌减少的变化，残留的乳汁容易潴留形成囊肿。