关键点：甲状腺功能亢进症眼睛不舒服的原因包括用眼过度、药物副作用、突眼症；治疗方法分别为使用眼药水、停止用药并就医、使用特定药物治疗。
一、用眼过度：甲状腺功能亢进症患者若长时间过度用眼，可能会导致眼睑部位肿胀、眼睛不舒服以及球结膜水肿等情况出现。此时，可在医生指导下使用眼药水来缓解症状，如左氧氟沙星滴眼液具有广谱抗菌作用，可用于治疗多种眼部感染及炎症；环丙沙星滴眼液也有较强的抗菌功效，对眼部不适能起到一定改善效果。
二、药物副作用：甲状腺功能亢进症患者通常需要长期服用药物来抑制甲状腺合成甲状腺激素以达到治疗目的。然而，部分患者可能对治疗药物产生过敏反应，比如出现眼睛模糊、皮肤过敏、视力模糊等症状。一旦发生这种情况，应立即停止服用药物，并且在必要时要尽快到医院就诊。
三、突眼症：甲状腺功能亢进症的发生可能与生活压力大、情绪暴躁等有关，这可能会引发眼睛突出的症状。可在医生指导下使用丙硫氧嘧啶片，其能抑制甲状腺激素合成，从而改善病情；甲巯咪唑片也可用于治疗，能有效调节甲状腺功能。
总结概况提示：甲状腺功能亢进症患者眼睛不适可能由多种原因引起，要明确具体原因并采取针对性的治疗措施，以缓解眼睛不适症状并控制病情发展。