甲亢通常指甲状腺功能亢进症，其眼睛不舒服可能源于突眼，也可能是眼内有异物导致。
一、突眼：甲状腺功能亢进症属于自身免疫性疾病，甲状腺自身免疫性抗体可对眼睛的球后组织、眼部肌肉等部位起作用，进而可能引发眼眶局部组织增生、浸润，出现突眼现象，会有结膜明显水肿、充血情况，致使患者眼睛不适。对此，患者可遵循医嘱使用倍他米松片等糖皮质激素类药物进行医治。
二、眼内有异物：甲状腺功能亢进症患者若眼内存在异物，可能会引发眼睛疼痛、畏光、流泪等状况，这也会造成甲状腺功能亢进症患者眼睛不舒服。通常这种情况无需过度担忧，只要将眼内异物取出即可。
建议患者要注意休息，避免进行高强度运动或工作，同时要保持作息规律、戒除烟酒、避免熬夜。
总结：甲状腺功能亢进症患者眼睛不舒服可能由突眼或眼内异物引起，需根据具体情况采取相应措施，患者日常还应注意多方面的保养。