验孕棒查出怀孕但B超检查看不到孕囊，可能是以下原因：
1.怀孕时间较短：B超检查通常需要在怀孕5周后才能看到孕囊，过早进行检查可能看不到。
2.宫外孕：受精卵可能在子宫外着床，如输卵管、卵巢等，这种情况下B超也无法看到孕囊。
3.孕囊发育不良：孕囊可能存在发育问题，如胎停育等，导致B超检查看不到。
4.其他因素：子宫肌瘤、子宫内膜息肉等也可能影响孕囊的显示。
对于这种情况，建议采取以下措施：
1.等待复查：可以在一周后再次进行B超检查，以确定孕囊的位置和发育情况。
2.进行血HCG检测：血HCG检测可以帮助确定怀孕情况，并且可以监测其翻倍情况，有助于判断孕囊的发育是否正常。
3.注意观察：如果出现腹痛、阴道流血等异常情况，应及时就医。
4.咨询医生：与医生进行充分沟通，了解具体情况和可能的风险，并根据医生的建议进行进一步的检查或处理。
需要注意的是，每个人的情况可能不同，医生会根据具体情况制定个性化的诊疗方案。在等待复查期间，应保持良好的心态，注意休息，避免剧烈运动和性生活。如果对检查结果有任何疑问或担忧，应及时与医生沟通，以便获得更准确的信息和建议。