怀孕50天B超检查看不到孕囊，可能是以下原因：
1.生理因素：可能是由于实际受孕时间较短，孕囊还未在子宫内形成。建议在一周后复查B超，以确定孕囊的位置。
2.宫外孕：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，俗称宫外孕。宫外孕时，B超检查也可能看不到孕囊。此外，宫外孕还可能伴有腹痛、阴道流血等症状。如果有这些症状，应及时就医，进行进一步的检查和治疗。
3.生化妊娠：指发生在妊娠5周内的早期自然流产，血中可以检测到HCG升高，大于25mlU/mL或者尿妊娠试验阳性，但超声检查看不到孕囊，提示受精卵着床失败。
4.胚胎停育：如果孕囊持续为空囊，或孕囊平均直径大于25mm却没有胎芽，或胎芽大于7mm却没有胎心搏动，提示胚胎停育。此时需要进行清宫手术，以清除宫腔内的残留物。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体情况需要结合个人的具体情况和医生的进一步检查来确定。如果对B超检查结果有疑问或担忧，建议及时与医生沟通，以便获得更详细的解释和建议。同时，在等待复查或进一步检查的过程中，应注意休息，避免剧烈运动和性生活，如有异常情况应及时就医。