自体造血干细胞移植存在一些弊端。一般来说，自体造血干细胞移植可能面临感染风险，在移植后的一段时间内，患者的免疫系统较为脆弱，感染的概率相对较高，有数据显示约10% - 20%的患者可能会发生严重感染。
一、移植相关并发症风险
1. 感染方面
- 移植过程中使用大量免疫抑制药物，会使患者自身的免疫防御功能大幅下降。例如，肺部感染是常见的并发症之一，患者可能出现发热、咳嗽、呼吸困难等症状，严重的肺部感染可能危及生命。
- 口腔感染也较为多见，患者会感觉口腔疼痛、溃疡，影响进食，进而导致营养状况下降，不利于身体恢复。
2. 器官损伤
- 肝脏可能受到影响，出现肝损伤，表现为肝功能指标异常，如转氨酶升高等。这是因为移植过程中的药物、免疫反应等多种因素可能损害肝脏细胞。
- 肠道也可能出现问题，引起肠道黏膜炎，患者会有腹痛、腹泻等症状，严重时可能导致肠道出血、穿孔等严重后果。
二、经济成本较高
自体造血干细胞移植的费用相对较高，一般来说，整个治疗过程的费用可能在20万 - 50万元不等。这包括造血干细胞采集、移植前的预处理、移植后的治疗和护理等多方面的费用。其中，造血干细胞采集的相关设备和技术费用、移植过程中使用的特殊药物费用等都占据了较大的比例，对于一些家庭来说，经济压力较大。
三、长期预后不确定性
1. 复发风险虽然自体造血干细胞移植是治疗某些血液系统疾病等的重要手段，但仍存在疾病复发的可能。例如，在治疗白血病时，约有10% - 30%的患者可能出现疾病复发，复发后再次治疗的难度和风险都会增加。2. 生活质量影响患者在移植后需要较长时间的恢复，在此期间身体较为虚弱，可能会出现疲劳、脱发等情况，而且由于免疫力低下，需要长期避免接触感染源，这会对患者的日常生活、工作和社交等方面产生较大影响，导致生活质量下降。