肠系膜淋巴结炎多由病毒感染引起，一般可对症用药缓解症状，如存在细菌感染则可能需要用抗生素。通常来说，对于病毒感染导致的肠系膜淋巴结炎，主要是进行对症治疗。
对症治疗药物
止痛药物：若患儿腹痛较明显，可使用颠茄合剂等药物来缓解疼痛，但2岁以下儿童使用需谨慎，需在医生指导下应用。退热药物：当出现发热症状且体温超过38.5℃时，可使用对乙酰氨基酚等退热药物，不过3个月以下婴儿禁用含阿司匹林的退热药物。
针对可能的细菌感染用药
抗生素使用：如果经检查考虑有细菌感染，可能会用到抗生素，比如头孢类抗生素。但必须是在明确有细菌感染指征时才会使用，而且要根据患儿具体情况由医生选择合适的头孢类药物，像头孢克肟等，但不能自行随意使用。
抗病毒药物使用情况
一般病毒感染处理：大多数肠系膜淋巴结炎是病毒感染引起，一般不需要常规使用抗病毒药物，因为病毒感染多为自限性，主要通过对症支持治疗来帮助患儿度过病程。但如果是特殊的病毒感染，如EB病毒等引起的相关情况，会有不同的处理方式，不过这种情况相对较少见，需医生根据具体检查来判断是否需要特殊的抗病毒处理。
用药注意事项
儿童特殊情况：儿童用药需格外谨慎，要严格按照体重、年龄等计算合适的用药剂量。比如使用退热药物时，要根据患儿体重准确计算用量，不能超量使用。同时，家长不要自行给孩子乱用抗生素，一定要在医生明确有细菌感染依据后，在医生指导下使用。而且在用药过程中，要密切观察孩子用药后的反应，如是否有皮疹、恶心、呕吐等不良反应，一旦出现异常要及时就医。