舌根疼的治疗需根据不同病因来定。如果是口腔溃疡导致的舌根疼，一般可以局部使用一些促进愈合的药物，比如康复新液，它能促进黏膜修复，每天含漱3 - 4次，每次10 - 15毫升。
一、感染性因素导致的舌根疼
病毒感染引起： 若为疱疹性口炎累及舌根出现疼痛，可使用抗病毒药物，如阿昔洛韦，它能抑制病毒DNA合成，起到抗病毒作用，但2岁以下儿童应避免使用。细菌感染引起： 若是细菌感染导致舌根发炎疼痛，常用抗生素如青霉素类，不过对青霉素过敏者禁用，需医生评估后选择合适药物。
二、创伤性因素导致的舌根疼
咬伤导致： 如果是不小心咬伤舌根引起疼痛，一般要保持口腔清洁，避免感染，通常1 - 2周可自行恢复。在此期间要少吃辛辣刺激食物，以免加重疼痛。器械损伤： 比如做口腔检查时器械不小心损伤舌根，首先要观察损伤程度，轻微损伤保持口腔卫生即可，严重的可能需要医生进行处理，如消毒、必要时缝合等。
三、过敏因素导致的舌根疼
食物过敏： 若因食用过敏食物导致舌根过敏疼痛，首先要停止接触过敏原，然后可以使用抗过敏药物，如氯雷他定，它能竞争性阻断组胺H1受体，缓解过敏症状，但6岁以下儿童使用需遵医嘱。药物过敏： 要是药物过敏引起舌根疼，要立即停用可疑过敏药物，轻度过敏者可服用抗过敏药，重度过敏者需紧急就医处理。