男性生殖器疱疹主要通过抗病毒药物来治疗，一般使用阿昔洛韦等药物有较好效果。
常用抗病毒药物
阿昔洛韦：属于核苷类抗病毒药物，能干扰疱疹病毒DNA合成，起到抑制病毒复制的作用。一般可以口服，也能外用软膏。伐昔洛韦：是阿昔洛韦的前体药物，口服后在体内转化为阿昔洛韦，生物利用度比阿昔洛韦高，起效相对更快，同样能有效抑制生殖器疱疹病毒的复制。
治疗中的日常护理
保持局部清洁：要每天用清水清洗生殖器部位，保持局部干燥、清洁，防止继发细菌感染。比如可以用温水轻轻冲洗，洗完后用干净的毛巾轻轻擦干。避免抓挠：患病部位可能会有瘙痒感，但一定要避免用手抓挠，因为抓挠可能会导致水疱破裂，引发更严重的感染或者使病情加重。
预防复发的注意事项
增强免疫力：日常生活中要注意合理作息，保证充足的睡眠，一般建议成年人每天睡眠7~8小时左右。还要均衡饮食，多摄入富含维生素、蛋白质的食物，像新鲜的蔬菜水果、瘦肉、鸡蛋等。同时适当进行体育锻炼，每周至少进行150分钟的中等强度有氧运动，如快走、慢跑等。避免诱因：要尽量避免一些诱发生殖器疱疹复发的因素，比如过度劳累、精神紧张、饮酒等。长期精神紧张或者过度劳累会使身体免疫力下降，容易导致疱疹复发；大量饮酒也可能会影响免疫系统功能，增加复发几率。