益母草在正常使用情况下一般副作用较少，但如果使用不当可能会有一些问题。一般来说，过量服用益母草可能会带来一些不良影响。
对胃肠道的影响
部分人服用益母草后可能会出现胃肠道不适，比如恶心、呕吐、腹泻等症状。如果本身胃肠道比较敏感，在服用益母草后可能更容易出现这些反应。例如一些体质较弱、本身有胃肠道基础疾病的人群，在服用益母草后可能会感觉肠胃不适加重。
对心血管系统的影响
过量服用益母草可能会对心血管系统产生影响，可能导致血压下降等情况。虽然这种情况相对较少见，但如果大量服用益母草，就有可能出现心慌、胸闷等心血管方面的异常表现。尤其是本身有心血管疾病的人群，更要谨慎使用益母草，因为其对心血管系统的影响可能会加重原有病情。
对生殖系统的影响
对于孕妇来说，服用益母草可能会引起宫缩增强等情况，这是非常危险的，可能会导致流产等严重后果。所以孕妇绝对禁止使用益母草。而对于一些本身月经不调的女性，如果不恰当使用益母草，也可能会干扰正常的生殖系统功能，影响月经周期等情况。
过敏反应方面
个别人群可能对益母草过敏，服用后会出现过敏症状，如皮肤瘙痒、皮疹、红斑等，严重的还可能出现呼吸困难等过敏反应。如果在服用益母草后出现这些过敏表现，应立即停止服用，并及时就医处理。