食管炎的治疗药物选择需根据具体病情来定，一般常用抑制胃酸分泌的药物，比如质子泵抑制剂，像奥美拉唑，它能有效减少胃酸分泌，缓解食管炎症状，通常可在医生指导下使用。
抑制胃酸分泌类药物
质子泵抑制剂：这类药物能强力抑制胃酸分泌，常见的有奥美拉唑、兰索拉唑等。它们通过特异性地作用于胃黏膜壁细胞，抑制胃酸分泌的最后一步，从而减轻胃酸对食管黏膜的刺激，一般疗程可能需要4 - 8周左右。H₂受体拮抗剂：如雷尼替丁、法莫替丁等，通过竞争胃壁细胞上的H₂受体，减少胃酸分泌，但其抑酸作用相对质子泵抑制剂稍弱，适用于轻至中度食管炎患者。
促进胃肠动力类药物
多潘立酮：可以增强食管下括约肌张力，促进胃排空，减少胃内容物反流至食管，一般建议在饭前15 - 30分钟服用，能有效改善食管蠕动功能，减轻反流症状。莫沙必利：也是常用的促胃肠动力药，能促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，加快胃排空，从而减少胃十二指肠内容物反流并改善食管蠕动功能，对食管炎伴有消化不良等症状的患者适用。
保护食管黏膜类药物
硫糖铝：在食管黏膜表面形成保护屏障，防止胃酸、胆汁等对黏膜的侵蚀，可中和胃酸，缓解疼痛，一般需嚼碎后服用，在饭前1小时及睡前服用效果较好。铝碳酸镁：能迅速中和胃酸，并吸附胆汁，同时保护食管黏膜，可在症状发作时临时服用，能快速缓解烧心、反酸等不适症状。
针对病因的药物
幽门螺杆菌阳性的食管炎：如果食管炎是由幽门螺杆菌感染引起的，需要进行根除幽门螺杆菌治疗，通常采用质子泵抑制剂+两种抗生素+铋剂的四联疗法，比如奥美拉唑+阿莫西林+克拉霉素+枸橼酸铋钾，疗程一般为10 - 14天，通过根除幽门螺杆菌来消除病因，促进食管炎的愈合。