药流没流干净有两种处理方式，一是继续吃药流的药，二是直接清宫。
一、继续吃药流的药：若药流一次未流干净，且阴道出血不多时，可在医生指导下继续口服米非司酮和米索前列醇来促进宫腔内残留物排出。需注意，不可私自用药，用药过程中若随时出现阴道出血增多情况，应尽早前往医院。
1.米非司酮：其能与孕酮受体及糖皮质激素受体结合，对子宫内膜孕酮受体的亲和力比黄体酮强5倍，从而产生较强的抗孕酮作用，使妊娠的绒毛组织及蜕膜变性，内源性的前列腺素释放，促使黄体生成素下降、黄体溶解，从而使依赖黄体发育的胚囊坏死而发生流产。
2.米索前列醇：具有宫颈软化、增强子宫张力及宫内压作用，与米非司酮序贯合用可显著增高或诱发早孕子宫自发收缩的频率和幅度，可促使孕囊排出。
二、直接清宫：若药流没流干净或残留较多，且阴道出血超过月经量时可直接进行清宫术以帮助残留物排出。不过，清宫可能会导致清宫不全，有二次清宫的可能，相对较好的方法是在宫腔镜下进行清宫，这样能够更加直观地看到宫腔残留物，并能确定是否能清除干净。
总之，如果药流不全，一定要尽快就医，在医生指导下选择合适的处理方式，切不可自行盲目用药。