药流后十二天还未干净，可能是以下原因导致的：
1.药流不全：药流后子宫内有残留的胚胎组织，会导致出血时间延长。如果残留物较小，可以使用促进子宫收缩的药物，帮助残留物排出；如果残留物较大，需要进行清宫手术。
2.子宫收缩不良：药流后子宫需要收缩恢复到正常大小，如果子宫收缩不良，会导致出血时间延长。可以使用宫缩剂促进子宫收缩，如缩宫素、麦角新碱等。
3.感染：药流后如果不注意个人卫生，容易引起感染，导致子宫内膜炎等疾病，也会出现出血时间延长的情况。需要使用抗生素进行抗感染治疗。
4.其他：药流后过度劳累、情绪波动、性生活等，也可能会导致出血时间延长。
需要注意的是，药流后出血时间过长可能会引起贫血、感染等并发症，严重影响身体健康。因此，如果药流后十二天还未干净，建议及时就医，进行相关检查，明确原因后，在医生的指导下进行治疗。同时，药流后要注意休息，避免过度劳累，保持个人卫生，一个月内禁止性生活和盆浴。