扁桃体发炎主要是由病原微生物感染引起的，其中最常见的是A组乙型溶血性链球菌，约占细菌性扁桃体炎的10%~30%。
病原体感染因素
细菌感染： 除了A组乙型溶血性链球菌，金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌等也可能引发扁桃体发炎。比如肺炎链球菌感染，它可通过空气飞沫传播，一旦进入人体呼吸道，就有可能侵袭扁桃体导致发炎。病毒感染： 常见的有腺病毒、鼻病毒、单纯疱疹病毒等。像腺病毒感染，在儿童群体中较为常见，腺病毒可经呼吸道飞沫、密切接触等途径传播，从而引发扁桃体发炎，而且腺病毒感染引起的扁桃体发炎往往具有一定的传染性。
自身抵抗力因素
免疫力低下时易发病： 当人体过度劳累、长期睡眠不足、营养不良等情况出现时，会使自身免疫力下降。例如长期熬夜的人，身体免疫力处于较低水平，这时候就更容易受到病原微生物的侵袭，从而增加扁桃体发炎的风险。儿童更容易受影响： 儿童的免疫系统还处于发育阶段，相对成人来说免疫力较弱。据统计，儿童扁桃体发炎的发生率比成人要高一些。比如3~10岁的儿童，由于这个阶段扁桃体是免疫器官，同时自身免疫力不够完善，所以更容易因为各种病原体感染而出现扁桃体发炎的情况。
环境因素影响
季节变化影响： 在季节交替的时候，气温变化较大，如果没有及时增减衣物，人体容易受凉，这会导致呼吸道局部抵抗力下降，从而容易引发扁桃体发炎。比如在秋冬季节交替时，气温忽高忽低，很多人就会因为没有做好保暖措施而患上扁桃体发炎。空气污染的影响： 长期处于污染严重的环境中，空气中的有害颗粒、化学物质等会刺激扁桃体黏膜，使得扁桃体的防御功能受到影响，增加扁桃体发炎的几率。例如在工业污染较为严重的地区，居民患扁桃体发炎的概率相对较高。