口腔溃疡时可使用的药物有多种，局部用药方面，常用的有西瓜霜喷剂，一般喷后能在一定程度上缓解疼痛、促进溃疡愈合，通常每天可使用数次。
局部用药缓解疼痛促进愈合
含漱剂： 比如氯己定含漱液，它能起到杀菌抗炎的作用，有助于减轻口腔溃疡局部的炎症反应，一般每天含漱2 - 3次，每次含漱10 - 30秒左右。散剂： 像冰硼散，撒在溃疡面上可以起到清热解毒、消肿止痛的效果，使用时要注意避免吞咽。
促进愈合的药物
重组人表皮生长因子凝胶： 它可以促进口腔溃疡创面的愈合，直接涂抹在溃疡部位即可，一般每天使用2 - 3次。其作用机制是能刺激上皮细胞的增殖和迁移，加速溃疡的修复过程。
补充维生素类药物
维生素B族： 当身体缺乏维生素B族时容易引发口腔溃疡，这时可以补充维生素B2等。一般来说，成年人每天补充维生素B2的推荐量是1.2 - 1.5毫克，通过口服补充剂来满足身体需求，有助于从根源上减少口腔溃疡的发生风险。不过，补充维生素类药物也需要在医生指导下进行，避免过量摄入。
免疫调节类药物
转移因子口服液： 如果是由于免疫功能紊乱导致的反复口腔溃疡，可以在医生评估后使用转移因子口服液来调节免疫。它能调节和增强机体细胞免疫功能，帮助恢复机体免疫平衡，但儿童使用时需要谨慎，要在医生的指导下根据体重等情况来确定合适的剂量。