脚指甲感染真菌也就是甲真菌病，治疗方法有多种，一般可以通过外用药物、口服药物以及其他治疗方式来处理。通常外用药物治疗疗程较长，口服抗真菌药相对更有效，但需要注意药物的适用情况等。
外用药物治疗
局部擦药：常用的有阿莫罗芬搽剂，它可以渗透进甲板，抑制真菌生长。一般每周使用1 - 2次，连续使用几个月，不过对于较严重的感染，单独使用擦剂效果可能有限。复方制剂：像环吡酮胺软膏等复方制剂也可用于外用，涂抹在受感染的脚指甲周围及指甲上，能起到一定的抑制真菌的作用，但要坚持使用，按疗程来。
口服药物治疗
常用药物：伊曲康唑是比较常用的口服抗真菌药，它可以间歇冲击疗法使用，比如每月服用一周，连续几个月，通过抑制真菌的麦角固醇合成，从而发挥抗真菌作用。不过在用药前需要检查肝功能等，因为它可能对肝脏有一定影响。特比萘芬：也是口服抗真菌的药物，它能抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻断真菌细胞膜合成，一般每天服用一定剂量，疗程相对伊曲康唑可能短一些，但同样需要关注肝功能等情况。
其他治疗方式
手术拔甲：对于单个较严重感染的脚指甲，可以考虑手术拔甲，但手术创伤相对较大，术后恢复需要一定时间，而且拔甲后还需要配合抗真菌治疗，不然容易复发。激光治疗：现在也有激光治疗甲真菌病的方法，通过特定波长的激光破坏真菌生存的环境，起到辅助治疗的作用，但一般需要多次治疗，费用相对可能较高，而且不是所有患者都适合激光治疗。
日常注意事项
保持足部干燥：真菌容易在潮湿的环境中生长，所以要经常换袜子，选择透气的鞋子，尽量让脚部保持干燥，比如每天更换干净的袜子，洗完脚后要彻底擦干等。避免交叉感染：不要与他人共用拖鞋、脚盆等物品，防止将真菌传染给别人，同时自己其他部位的真菌感染也可能传染到脚指甲，所以如果有手足癣等也要及时治疗。