药流后21天仍有褐色分泌物流出，可能是以下原因引起：
1.药流不全：药流后如果子宫内有残留的胚胎组织，会导致子宫持续收缩不良，引起出血时间延长。此时需要进行B超检查，确认是否有残留。如果有残留，可能需要进行清宫手术。
2.子宫复旧不良：药流后子宫需要一定的时间恢复，如果子宫恢复不良，也会导致出血时间延长。可以使用益母草、新生化颗粒等药物促进子宫收缩，帮助子宫恢复。
3.感染：药流后如果不注意个人卫生，或者过早进行性生活，容易引起感染，导致子宫内膜炎等疾病，也会出现褐色分泌物。此时需要进行抗感染治疗，使用头孢呋辛酯、甲硝唑等药物。
4.内分泌失调：药流后体内激素水平需要一段时间才能恢复正常，如果内分泌失调，也会导致月经异常。可以通过调整生活习惯、保持心情愉悦等方式来缓解。
5.其他：如子宫肌瘤、子宫内膜息肉等疾病，也可能导致药流后褐色分泌物持续不净。
需要注意的是，药流后21天仍有褐色分泌物流出，应及时就医，进行相关检查，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，药流后要注意休息，保持个人卫生，避免性生活和盆浴，注意观察阴道出血情况，如有异常应及时就医。