药流后16天仍有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.药流不全：药流后有残留，影响子宫收缩，导致褐色分泌物持续存在。需要进行B超检查，如有残留，可能需要清宫。
2.子宫复旧不良：药流后子宫需要时间恢复，如果子宫收缩不好或存在感染，可能导致褐色分泌物。可以使用益母草、缩宫素等药物促进子宫收缩，必要时使用抗生素治疗。
3.内分泌失调：药流可能影响体内激素水平，导致内分泌失调，从而引起褐色分泌物。可以通过调整生活习惯、保持心情愉悦等方式改善，也可以在医生指导下使用激素药物进行调节。
4.其他：药流后过度劳累、休息不好、饮食不规律等，也可能导致褐色分泌物持续时间较长。
药流后要注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持会阴部清洁，一个月内禁止性生活和盆浴。如果褐色分泌物持续时间较长或伴有其他不适症状，应及时就医，明确原因，并在医生指导下进行治疗。