新生儿血管瘤的引起机制目前尚未完全明确，可能与多种因素有关。目前研究推测，血管形成因子与血管形成抑制因子之间的平衡失调可能参与其中，比如血管内皮生长因子等相关因子的异常表达等情况。
胚胎发育因素
在胚胎发育早期，血管系统的形成过程出现异常可能是诱因之一。在胚胎发育的3 - 8周时，是血管系统构建的关键时期，如果这个阶段出现某些基因表达的异常，就可能影响血管的正常分化和发育，从而增加新生儿血管瘤发生的风险。例如某些与血管生成相关的基因发生突变等情况，可能干扰了正常的血管形成步骤，为新生儿血管瘤的出现埋下隐患。
雌激素相关因素
有研究发现，雌激素可能在新生儿血管瘤的发生中起到一定作用。母亲体内雌激素水平的变化或者新生儿自身雌激素相关代谢的异常都可能相关。比如母亲在孕期如果体内雌激素水平异常升高，有可能通过胎盘影响到胎儿的血管发育；或者新生儿自身的雌激素受体功能异常等，都可能促使血管内皮细胞异常增殖，进而引发血管瘤。不过具体的雌激素作用机制还在进一步深入研究中，但这种雌激素相关的因素被认为是可能的诱因之一。
遗传因素
遗传因素也被认为是可能的影响因素。有家族史的新生儿，发生血管瘤的概率相对没有家族史的新生儿可能会高一些。研究发现某些特定的遗传基因突变或者遗传易感性可能会增加新生儿患血管瘤的风险。虽然具体的相关基因还在不断探索中，但遗传背景在新生儿血管瘤的发生中占据一定的地位，比如如果家族中有亲属曾经患有血管瘤相关疾病，那么新生儿发生血管瘤的可能性就需要引起更多关注。