肾结石的形成是多种因素共同作用的结果。一般来说，尿液中某些物质浓度过高，超出了尿液的溶解能力，就容易析出形成结石。比如，尿液中钙、草酸、尿酸等成分异常增多，就可能引发肾结石。
代谢异常导致
尿液成分改变： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质排出量增加时，就容易形成结石。例如，尿钙排泄增多，超过了尿液的缓冲能力，就可能促使钙盐结晶形成，进而发展为肾结石。正常情况下，尿钙的排泄量是有一定范围的，如果身体代谢出现问题，就可能打破这个平衡。尿酸代谢紊乱： 体内尿酸生成过多或者尿酸排泄减少，会使尿液中尿酸浓度升高。当尿酸浓度超过其在尿液中的溶解度时，就会析出结晶，逐渐形成尿酸结石。比如，一些喜欢吃高嘌呤食物的人，像经常大量食用动物内脏、海鲜的人，就容易出现尿酸代谢紊乱，增加肾结石的发病风险。
局部因素影响
尿路梗阻： 尿路任何部位的梗阻都会导致尿液滞留，使尿液中晶体物质容易沉积形成结石。比如肾盂输尿管连接处梗阻，会让尿液排出不畅，尿液中的杂质就容易堆积，久而久之形成结石。而且梗阻时间越长，结石形成的可能性就越大。尿路感染： 尿路感染时，细菌、脓块等会作为核心，促使晶体附着沉积，从而形成结石。例如，变形杆菌等细菌能分解尿素产生氨，使尿液碱化，进而促进磷酸镁铵等晶体的形成，引发感染性肾结石。
饮食生活习惯因素
饮水不足： 每天饮水量少于1500毫升时，尿液会浓缩，导致尿液中晶体物质浓度升高，增加肾结石的形成风险。正常人每天应该保证2000 - 3000毫升的饮水量，这样才能保证尿液充分稀释，减少结石形成的可能。高草酸食物摄入过多： 长期大量食用草酸含量高的食物，如菠菜、浓茶、巧克力等，会使尿液中草酸含量增加。当草酸与钙结合时，就容易形成草酸钙结石。比如，有些人特别喜欢吃菠菜，而且每次食用量很大，就会使体内草酸摄入过多，增加患肾结石的几率。