肾结石形成的原因较多，主要和代谢异常、局部因素、药物因素等有关。一般来说，人体尿液中一些物质浓度过高，析出结晶，逐渐形成结石，比如尿液中钙、草酸、尿酸等浓度升高，就容易长肾结石。据统计，约90%的肾结石含有钙，其中最常见的是草酸钙结石。
代谢异常导致
尿液成分异常：当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质排出量增加时，就容易形成结石。比如有些人身体代谢功能出现问题，使得尿液里的草酸含量升高，长期如此就为草酸钙结石的形成创造了条件。像一些患有原发性高草酸尿症的人，体内处理草酸的酶缺乏，导致尿液中草酸浓度比正常人高很多。尿量减少：如果人体喝水少，尿量就会相应减少，尿液中结石物质的浓度就会升高，这样就更容易形成结石。比如在炎热的夏天，人体出汗多，如果没有及时补充水分，尿量减少，就增加了肾结石的发病风险。
局部因素引发
尿路梗阻：当尿路存在梗阻时，尿液排出不畅，会导致尿液在肾脏内积聚，使得尿液中结石相关成分浓度升高，而且梗阻部位以上的尿液停滞，有利于结石形成。比如肾盂输尿管连接处狭窄，就会引起尿液梗阻，容易在局部形成肾结石。尿路感染：尿路感染时，细菌、脓块等会作为核心，促使结石形成。而且感染会改变尿液的成分，有利于细菌繁殖，同时也会促进结石的生长。比如变形杆菌能将尿素分解成氨，使尿液碱化，促使磷酸镁铵和磷酸钙沉积形成结石。
药物因素影响
某些药物：一些药物服用后可能会增加肾结石的风险。比如氨苯蝶啶、硅酸盐、磺胺类药物等。磺胺类药物在尿液中溶解度低，容易形成结晶，从而促进肾结石的形成。还有长期大量服用维生素C，会使尿中草酸排泄增加，也可能增加肾结石的发生几率。