阴茎根部皮肤里有硬疙瘩，可能是以下原因引起：
1.皮脂腺囊肿：由于皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多的内容物膨胀所形成的潴留性囊肿。这是一种良性皮肤病变，可发生于任何年龄，但以青壮年多见，好发于头面、颈项和胸背部。囊肿呈圆形，单发或多发，质地柔软，有弹性，高出皮面，与皮肤有粘连，中央可有一小色素点。内容物为白色豆腐渣样。皮脂腺囊肿癌变的机会极为罕见。
2.传染性软疣：由传染性软疣病毒感染引起，可通过直接接触或间接接触传播。在成人主要通过性接触传播。初起时表现为半球形丘疹，中央有脐凹，表面有蜡样光泽，质地较硬，可挤出白色乳酪样物质，称为软疣小体。
3.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性接触传播。初起为淡红色丘疹，逐渐增大增多，融合成乳头状、菜花状或鸡冠状增生物，根部可有蒂，表面湿润，可有出血、糜烂、溃疡。
4.阴茎硬结症：是一种发生在阴茎海绵体两层筋膜之间的一种结缔组织增生性疾病，多见于中年人。硬结可在阴茎背侧或根部，或发生于阴茎侧面，或累及阴茎海绵体全部。损害一般为单个斑块，也可为多个斑块，斑块固定而硬，与周围组织界限清楚，生长缓慢，无自觉症状或有轻微疼痛。
5.阴茎癌：是起源于阴茎头、冠状沟和包皮内板黏膜以及阴茎皮肤的恶性肿瘤。早期表现为阴茎头或包皮内板有丘疹、溃疡、疣或菜花样斑块，逐渐增大，可出现局部疼痛，阴茎勃起时可弯曲变形，包皮不能上翻。晚期肿瘤可破溃，形成溃疡，有恶臭分泌物。
如果发现阴茎根部皮肤里有硬疙瘩，建议及时就医，明确诊断，并根据病因进行治疗。同时，要注意个人卫生，保持阴茎清洁，避免不洁性行为。