治疗鼻窦炎常用的药物有抗生素、鼻用糖皮质激素、黏液促排剂等。一般来说，抗生素是治疗鼻窦炎的重要药物之一，比如对于细菌感染引起的鼻窦炎，常用的有阿莫西林克拉维酸钾等，通常需要使用10天左右。
抗生素类药物
青霉素类抗生素： 如果患者对青霉素不过敏，青霉素类抗生素可用于治疗鼻窦炎，像阿莫西林就是常见的一种，它能抑制细菌细胞壁的合成，从而发挥杀菌作用。头孢类抗生素： 头孢呋辛酯也是治疗鼻窦炎常用的头孢类药物，通过阻碍细菌细胞壁的合成来达到抗菌效果，对多种引起鼻窦炎的细菌有作用。
鼻用糖皮质激素
糠酸莫米松鼻喷雾剂： 它可以减轻鼻黏膜的炎症反应，缓解鼻塞、流涕等症状。一般每天使用1次，每次每个鼻孔喷1 - 2喷。布地奈德鼻喷雾剂： 同样能减轻鼻黏膜的水肿和炎症，改善鼻腔通气，使用方法是每天早晚各喷一次，每次每侧鼻孔2喷。
黏液促排剂
桉柠蒎肠溶软胶囊： 能促进鼻腔和鼻窦黏膜纤毛的运动，帮助黏液排出，有利于鼻窦炎的恢复。通常成人一次0.3g，一天3 - 4次。欧龙马口服滴剂： 也具有促进分泌物排出的作用，可用于急性鼻窦炎的治疗，成人一次50 - 100滴，每天3次。
其他药物
减充血剂： 如麻黄碱滴鼻液，能收缩鼻黏膜血管，减轻鼻塞症状，但不能长期使用，一般连续使用不超过7天，否则可能引起药物性鼻炎。抗组胺药： 如果鼻窦炎伴有过敏因素，像氯雷他定片，能缓解打喷嚏、流涕等过敏相关症状，可在医生指导下使用。