鼻窦炎并没有绝对的“特效药”，需根据病情类型等选择合适药物。一般来说，急性细菌性鼻窦炎常用抗生素等药物，比如阿莫西林克拉维酸钾，成人常用剂量是一次0.375-0.75克，每8小时一次。
抗生素类药物
青霉素类： 像阿莫西林，对部分鼻窦炎病原菌有抗菌作用，可抑制细菌细胞壁合成发挥杀菌效果，但对青霉素过敏者禁用。头孢菌素类： 如头孢克洛，能阻碍细菌细胞壁合成来杀菌，不过对头孢菌素过敏者不能用，使用前需做皮试。
鼻用糖皮质激素
糠酸莫米松鼻喷雾剂： 可以减轻鼻腔炎症反应，缓解鼻塞、流涕等症状，一般成人及青少年常用，每天1次，每侧鼻孔2喷。但孕妇及哺乳期妇女使用需谨慎，需在医生评估后使用。布地奈德鼻喷雾剂： 同样能减轻鼻黏膜炎症水肿，儿童使用时要在医生指导下，根据年龄等情况合理应用，避免长期滥用。
黏液促排剂
桉柠蒎肠溶软胶囊： 能促进鼻腔和鼻窦黏膜纤毛运动，帮助排出脓性分泌物，成人一般一次0.3克，一天3次。不过严重肝肾功能不全者要慎用。欧龙马口服滴剂： 也有促进分泌物排出的作用，儿童用药时要按照儿童的年龄和体重等调整剂量，比如6-14岁儿童一次10滴，一天3次。
减充血剂
麻黄碱滴鼻液： 能收缩鼻黏膜血管，减轻鼻塞症状，但连续使用一般不宜超过7天，否则可能引起药物性鼻炎，儿童使用要特别谨慎，避免过量使用导致不良反应。赛洛唑啉滴鼻液： 也可缓解鼻塞，成人常用，一次每侧鼻孔2-3滴，一天不超过3次，儿童使用需在医生指导下，因为儿童对药物的耐受等情况与成人不同。