肺上小结节形成的原因较多，其中最常见的是肺部感染，比如细菌、病毒或非典型病原体感染后，可能遗留小结节，据统计，约有1/4的人可能因既往感染出现肺小结节。
一、感染因素导致
细菌感染： 像肺炎链球菌等细菌引起肺部炎症，在修复过程中可能形成结节。一般这类感染引起的结节，通过抗感染治疗后部分可能会有变化，但也有部分会遗留小结节。病毒感染： 例如流感病毒、巨细胞病毒等感染肺部后，也可能导致肺组织出现损伤修复，进而形成小结节。
二、职业与环境因素相关
职业接触粉尘： 长期在煤矿、水泥厂等工作环境中，吸入大量粉尘，粉尘在肺部沉积，容易刺激肺部组织，引发炎症反应，逐渐形成小结节。据研究，长期接触粉尘的工人患肺小结节的风险比一般人群高约2 - 3倍。空气污染： 长期处于雾霾严重的环境中，空气中的有害颗粒被吸入肺部，会对肺部造成损害，增加肺小结节的发生几率。
三、肿瘤相关因素
良性肿瘤： 肺部的一些良性肿瘤，如错构瘤等，可能表现为小结节。错构瘤是一种比较常见的肺部良性肿瘤，由正常肺组织的异常组合形成。恶性肿瘤： 虽然相对少见，但肺部的原发性恶性肿瘤或者其他部位转移来的转移性肿瘤，也可能以小结节的形式表现。不过一般恶性肿瘤导致的小结节通常会有一些其他特征，比如结节生长速度较快等。