怀孕初期小腹两侧隐隐作痛，可能是生理现象，也可能是先兆流产、宫外孕等原因，要根据具体情况采取药物治疗、手术治疗等措施来保胎或终止妊娠。
一、生理现象：
孕妇孕期因荷尔蒙分泌增加，会使盆腔出现轻度充血，从而导致小腹隐隐作痛。部分孕妇对此较为敏感，在受精卵着床时，子宫会增大，韧带受到牵扯也会产生轻微疼痛，这是较为常见的生理现象。
二、先兆流产：
如果孕妇小腹两侧疼痛同时伴有阴道流血，通常是子宫收缩所致。孕妇要及时到医院抽血化验HCG，并结合B超进行确诊。一旦确诊为先兆流产，孕妇需卧床休息，可在医生指导下口服地屈孕酮片、保胎灵胶囊等药物进行治疗。
三、宫外孕：
若受精卵未在子宫内着床而发生宫外孕，随着受精卵逐渐增大，会导致着床部位破裂，进而引发腹痛、阴道出血等情况。所以在怀孕初期，若出现小腹疼痛一定要警惕宫外孕。若发现宫外孕，应立即进行手术，以防止出现严重出血。
总之，怀孕初期小腹两侧疼痛有多种可能，需要仔细辨别并采取相应的措施，以保障孕妇和胎儿的健康安全。